Klinika Pneumonologii Dziecięcej powstała w 1995 r. w wyniku podziału I Kliniki Chorób Dzieci kierowanej przez prof. dr hab. Urszulę Radwańską. Twórcą Kliniki i jej pierwszym kierownikiem w latach 1995-2005 był prof. dr hab. Jerzy Alkiewicz. Wraz z poszerzaniem zakresu działalności w 2000 r. Klinika zmieniła nazwę na Klinika Pneumonologii i Alergologii Dziecięcej, a następnie w 2003 r. na Klinikę Pneumonologii. Alergologii Dziecięcej i Immunologii Klinicznej. W latach 2005-2020 kierownikiem Kliniki była prof. dr hab. n. med. Anna Bręborowicz, a obecnym kierownikiem jest dr hab. n. med. Irena Wojsyk-Banaszak.
Do 2020 roku Klinika wchodziła w skład struktury III Katedry Pediatrii kierowanej do 2005 r. przez prof. dr hab. n. med. J.Alkiewicza, a następnie w latach 2005-2020 przez prof. dr hab. n. med. Wojciecha Służewskiego. W 26.08.2020 powołano Instytut Pediatrii, który zastąpił Katedry Pediatrii. Obecnym Dyrektorem Instytutu jest prof. dr hab. n. med. Jarosław Walkowiak, powołany na swoje stanowisko w 2020 roku.
Działalność kliniczna była początkowo realizowana na bazie jednego oddziału stacjonarnego, oddziału dziennego pobytu, Pracowni Aerozoloterapii i Badań Czynnościowych oraz Poradni Alergologicznej i Pulmonologicznej. W 2009 r. powstała Pracownia Badań Komórkowych i Molekularnych, której kierownikiem jest prof. dr hab. n. med. Aleksandra Szczepankiewicz. Od 2017 r. Klinika dysponuje dwoma oddziałami: dzieci młodszych (22 łóżka) i dzieci starszych (23 łóżka).